2012年3月17日，台灣人權促進會、民間監督健保聯盟、台灣女人連線等社團，發起了寄存證信函給健保局的行動，要求退出衛福部所成立的「健康資料加值應用中心」，以及國家衛生研究院的「全民健保研究資料庫」。因為此二資料庫之成立，將全民健康資料釋出給第三方作應用及跟其他檔案串連，皆從未有過明確的立法授權，亦無法令規範此資料庫之個資使用及相關罰則。建立此二資料庫，也從未告知任何當事人，或取得「同意」。

目前，國家衛生研究院的光碟釋出已經暫緩，而衛福部的資料庫除了健保資料以外，更因為「衛生福利部」的職務擴編，而增加了「身心障礙檔」、「家暴通報檔」、「性侵通報檔」、「弱勢兒少」、「兒少保護通報」、「單親家庭檔」、「低收入戶」等社福檔案，與之串連。不知道這些接受政府協助或補助的這些個案當事人，是否得知自己的檔案，已經釋出給學者做研究。

此案在2013年1月，由台灣人權促進會等團體提起行政訴訟，並於2017年1月敗訴定讞。台灣人權促進會等當事人，已經委託律師在2017年底，正式向司法院大法官提出「釋憲」申請。